Після того, як їжа проходить обробку в шлунку та 12-палій кишці, тонкий і товстий кишечники приймають її у свій простір. Згідно анатомічним і функціональним особливостям вони мають морфологічні відмінності: товста кишка розташовується по периметру черевної порожнини довжиною близько 2 м і має на своєму протязі три м'язові стрічки, «гаустри» - циркулярні здуття стінки і короткі пальцевидні відростки серозної оболонки з жировим вмістом. Тонкий кишечник, навпаки, гладкий, з діаметром перетину всього 3-5 см в різних відділах. У довжину він досягає до 4 м, формує петлі, розташовуючись, таким чином, в центрі черевної порожнини.

Складається тонкий кишечник з трьох складових частин, одна з яких 12-пала кишка, про розміри якої говорить її назва, за нею розміщена порожня (худа, голодна) кишка, яка становить трохи меншу половину кишечника, а найбільшу частку становить клубова. На відміну від 12-палої, порожню і клубову кишку повністю покриває очеревина.

У тонкому кишечнику їжа проходить остаточне переварювання, сортування потрібного і непотрібного, всмоктування в кров поживних речовин, які відправляються в різні ділянки і куточки тіла. Передавати поживні речовини в кров – обов’язок клітин слизової оболонки. Білки, цукор, жири, вітаміни та мінерали проходять через ці клітини. Деякі потрапляють безпосередньо у кров, а деякі, наприклад, жири поступають спочатку у лімфатичну систему. В кінці подорожі їжі по тонкому кишечнику, в ньому фактично нічого не залишається. А далі робота вже товстого.

Порожня і клубова кишки тонкого кишечника утворюють багато різних вигинів і петель. Лімфоїдний апарат слизової оболонки порожньої кишки представлений поодинокими лімфатичними вузликами, а лімфоїдний апарат слизової оболонки клубової кишки - скупченими лімфатичними вузликами, які називаються Пейєровими бляшками.

Всередині слизова оболонка утворює мікроскопічні вирости, що виступають в просвіт кишечника, які називають ворсинки. На 1 мм2 припадає 20-40 кишкових ворсинок: в порожній кишці їх більше і вони довші, ніж в клубовій. Кишкові ворсинки покриті епітеліоцитами, вирости їхньої плазматичної мембрани формують безліч мікроворсинок, завдяки чому збільшується всмоктуюча поверхня тонкої кишки. 

Кожна ворсинка довжиною до 1 мм, а діаметром – 0,1 мм, що являє собою листоподібне або пальцевидне випинання слизової оболонки тонкої кишки. В основі ворсинки – пальцевидний виріст слизової оболонки, що є пухкою волокнистою сполучною тканиною із кровоносними й лімфатичними капілярами й пучками гладких міоцитів. На поверхні цей сполучно-тканинний виріст покритий одношаровим призматичним каймистим епітелієм, у якому розрізняють три типи клітин: стовпчасті, келихоподібні й ендокринні. Епітеліоцити слизової оболонки тонкої кишки інтенсивно відновлюються, їх життєвий цикл становить близько 5 діб.

Стовпчасті епітеліоцити мають високий вміст ферментів, що беруть участь у розщепленні й транспортуванні всмоктаних речовин, а келихоподібні екзокриноцити виробляють слиз, що необхідний для формування шарових слизових накладень і для захисту епітеліальних клітин від шкідливих факторів вмісту кишки. Їхнє число зростає в міру наближення до товстої кишки.

Навколо основи ворсинок слизова оболонка утворює крипти - трубчасті заглиблення епітелію, куди відкриваються устя кишкових залоз. Кишкові крипти ще називають залозами Ліберкюна, вони є й у тонкій і в товстій кишці, на відміну від ворсинок, характерних тільки для тонкої кишки. Глибина крипти дорівнює 0,25-0,5 мм, а діаметр – 0,07 мм. Щільність крипт становить 80-100 на 1 мм2, а у всій тонкій кишці їх нараховується понад 150 млн. Крипти часто галузяться і виконують не тільки секреторну функцію, але служать джерелом регенерації кишкового епітелію.

Таким чином, особливістю будови стінки тонкого кишечника є наявність постійних структур, здатних значно збільшувати всмоктувальну поверхню епітеліального шару слизової оболонки:

-кишечні складки, у формуванні яких беруть участь усі шари слизової оболонки;

-кишкові ворсинки, які покриті епітеліальним шаром;

-крипти (ліберкюнові залози), що продукують різні інгредієнти кишкового соку, в т.ч. слиз, гормони і інші біологічно активні речовини;

-посмугована облямівка, яка утворює мікроворсинки, які не слід змішувати із ворсинками тонкої кишки.

Процес травлення в кишечнику починається з порожнинного травлення в порожнині тонкої кишки. Тут за участю ферментів підшлункової залози здійснюється гідроліз складних полімерів (білків, жирів, вуглеводів, нуклеїнових кислот) до поліпептидів і дисахаридів. Подальше розщеплення до моносахаридів, амінокислот, жирних кислот і моногліцеридів відбувається на стінці тонкої кишки, зокрема на мембранах кишкового епітелію і носить назву мембранне травлення, при якому важлива роль належить власне кишковим ферментам.

Травні ферменти тонкого кишечника поділяються на: 

-протеолітичні - трипсиноген, що активується ентерокіназою і трансформується в трипсин, ендопептидази, экзопептидази, які розщеплюють білки до пептидів і амінокислот, які виробляються підшлунковою залозою в неактивному стані, тому трипсин активує хемотрипсиноген, перетворюючи його в хемотрипсин. Протеолітичні ферменти підшлункового соку діють тільки в лужному середовищі, на відміну від пепсину шлункового соку.

-ліполітичні - ліпаза, фосфоліпаза, які розщеплюють жири і фосфоліпіди до жирних кислот і гліцерину та діють тільки в лужному середовищі і розщеплюють жири, які раніше були емульговані жовчю;

-амілолітичні - амілаза, мальтаза, лактаза, що гідролізують вуглеводи: амілаза розщеплює полісахарид крохмаль до дисахаридів, мальтаза розщеплює дисахарид мальтозу до глюкози, лактаза розщеплює молочний цукор до моносахариду глюкози.

Кінець тонкої кишки впадає в бік товстої на межі сліпої і висхідної ободової кишок. При цьому стінка тонкої кишки випинається в просвіт товстої, в результаті утворюється клубовий сосочок, який складається з верхньої та нижньої губ, що обмежують клубовий отвір. Вміст кишок вільно проходить через клубовий сосочок у товсту кишку, але зворотний шлях у нормальному стані неможливий.

В товстому відбувається всмоктування води та формування речовин, які необхідно видалити з організму. Товстий кишечник має свою назву, тому що його поперечний просвіт становить до14 см, а довжина в два рази менша за тонкий і в середньому становить 150 см.

Слизова оболонка товстої кишки має складки і не має ворсинок, внаслідок чого вона гладка й блискуча. За формою кожна складка нагадує півмісяць, звідси й назва - півмісяцеві складки. Складки утворені всією товщею стінки кишки (у тонкій кишці колові складки формує лише слизова оболонка) і під час розтягування кишки вони зникають. По всій своїй довжині слизова оболонка має залози з великою кількістю келихоподібних клітин, що виділяють слиз. У власному шарі слизової оболонки трапляються поодинокі лімфоїдні вузлики, яких у дитячому віці значно більше. 

       Товстий кишечник має ознаки, за якими його відрізняють від тонкого:

- стрічки ободової кишки, які утворені зовнішнім поздовжнім шаром м’язової оболонки кишки: вільна стрічка, чепцева та брижовоободовокишкова;

- випини ободової кишки, які утворюються внаслідок того, що поздовжні м’язові стрічки ободової кишки коротші за довжину кишки;

- чепцеві привіски або жирові привіски ободової кишки.

Товстий кишечник має такі відділи:

- сліпа кишка з червоподібним відростком;

- ободова кишка, яка складається з висхідної ободової кишки, поперечної ободової кишки, низхідної ободової кишки, сигмоподібної ободової кишки;

- пряма кишка, відрізняється від усіх інших відділів товстої кишки  відсутністю специфічних ознак та є кінцевим відділом.

Різні види скорочень кишечника сприяють перемішуванню і розтиранню кишкового вмісту, а також забезпечують його просування. Серед них відомі такі як: ритмічна сегментація, маятникоподібна, перистальтичні і антиперистальтичні скорочення. 

Кишечник виконує не лише травну функцію, він бере безпосередню участь в обміні речовин. Тут відбувається не лише перетравлювання і всмоктування харчових речовин з наступним надходженням їх у кров, але і виділення ряду речовин з крові в просвіт кишечника з подальшою їх реабсорбцією.

Однією з найбільш важливих є ендокринна функція кишечника. Клітинами кишечника синтезуються пептидні гормони - секретин, панкреозимин, кишковий глюкагон, гастроінгібіруючий поліпептид, вазоактивний пептид, мотілін, нейротензин тощо, які забезпечують регуляцію діяльності травної системи та інших систем організму. 

Кишечник бере активну участь в імунних процесах: в кишечнику виявлені також різні субпопуляції Т-лімфоцитів, за допомогою яких реалізується клітинний імунітет.

Такі функції кишечника як захисні і синтез вітамінів тісно пов'язані зі станом кишкової мікрофлори, представленої переважно анаеробами.