У залежності від морфоанатомічних особливостей водних рослин, які можна враховувати при визначенні стану біоценозу виділяють такі групи:
1. Гідатофіти занурені у воду. Вони одержують не всю кількість сонячного проміння, бо частина його відбивається або поглинається водою. Відповідно гідатофіти тією або іншою мірою є тіньовитривалими. Цим зумовлена збільшена поверхня органів, особливо листків, порівняно із загальною масою. У зв’язку з тим, що у воді мало розчиненого кисню у гідатофітів утруднений газообмін. Однак у них добре розвинені міжклітинники, які сприяють регулюванню газообміну. Гідатофіти мають дуже спрощену анатомічну будову, у них судини слабко розвинені або зовсім немає, воду сприймають всією поверхнею тіла. На поверхні епідерми кутикули немає або вона занадто тонка, щоб не створювати перешкоду в надходженні води до клітин.
2. Гідрофіти звичайно ростуть по берегах водойм, напівзанурені у воду. Підземна частина рослин (кореневища і корені), а також більша частина стебла занурені у воду. Гідрофіти, як і гідатофіти, мають систему добре розвинених міжклітинних проміжків, крізь які здійснюється постачання кисню до органів, які знаходяться у воді і ґрунті водойми.
3. Гігрофіти - це рослини, що пристосовані до росту в умовах надмірного зволоження, переважно атмосферного. Листки їх вкриті тонким шаром кутикули, продихи розташовані на рівні основних клітин епідерми, наявність тонкостінних живих розсіяних волосків, а також широких міжклітинників - забезпечує досить активну поверхню випаровування.
Проживання у водному середовищі зумовило особливі риси організації водних рослин. В загальному до основних пристосувань вищих рослин до водного способу життя належать:
- Водні рослини не потребують опорних елементів, тобто у них недорозвинені або відсутні судинні пучки, як у деревині наземних рослин.
- Редукція кореневої системи або зміна її функції.
- Порівняно низька температура води викликає пригноблення статевого процесу, тому у них переважає вегетативне розмноження.
- Розвиток системи повітряних порожнин – аеренхіма, сприяє поліпшенню газообміну і підтримці рослини в плаваючому стані.
- Великий розвиток поверхні тіла по відношенню до маси, що виражається в наявності перистого, розітнутого листя, тонких, довгих стебел або ж широкого, але дуже тонкого листя.
- Листя занурених водних рослин позбавлені продихів, зате їх поверхня проникна для газів і весь газообмін йде через неї. Кількість продихів в порівнянні з наземними видами збільшена.
- У деяких видів серед клітин епідермісу є та інші, звані гідропорами, що мають більшу проникність води. У лататтєвих, крім того, є особливі клітки - гаусторії, розташовані на нижній стороні листа, здатні інтенсивно поглинати живильні речовини і запасати масло.
- Гетерофілія, різнолисність, це явище, коли на одній рослині розвиваються як типово підводне листя, так і типово повітряні з рядом переходів (настурція, стрілолист, вех).
- Виділення слизу особливими залозками перешкоджає вилуговуванню з рослин живильних речовин, а також є захистом при тимчасовому пересиханні водоймищ.
- Переважна більшість вищих водних рослин - багаторічники. При зимуванні частина видів цілком опускається на дно водоймища, більшість зимує у вигляді кореневищ, бульб або зимуючих бруньок (турионів).
 Наявність стійкого механізму гомеостазу дозволяє вищим водним рослинам захоплювати значні території і мати широке географічне розповсюдження. Такі види створюють популяції, пристосовані до крайніх умов ареалу, до значних коливань світла, температури, залежності від концентрації газів, … .