В основі кожного типу тварин лежить певний, властивий лише йому план будови тіла. Всі типи, які нині мешкають на території нашої планети в ході еволюції відокремлювались один від одного нерівномірно, а розподілялись на значну кількість великих груп (типів), всередині яких тварини були подібними за будовою та функціональними особливостями. Для детального вивчення розгалужень філогенетичного дерева тварин на сьогоднішній день використовуються морфологічні, ембріологічні, фізіологічні та молекулярно-біологічні дані по сучасних формах.
 Досить важливим для порівняльного підходу вважається поняття гомології, яке грунтується як на загальній організації тварини так і на структурах та розвитку окремих її органів. Так, передні кінцівки хребетних, не дивлячись на різний зовнішній вигляд і виконувані функції, мають єдиний план будо¬ви: скелет складається з плеча, передпліччя, утвореного ліктьо¬вою і променевою кістками, кісток зап'ястка, п'ясті та фаланг пальців, розвиваються у зародків зі схожих зачатків і однаково розташовані на тілі тварин. Гомологічними є передні кінцівки крота і жаби, крила птахів, ласти тюленів, нога коні і рука люди¬ни.  Таким чином, гомологічними органами називають такі утворення, які подібні за загальним планом будови, положенню в тілі та виникненню в процесі онтогенезу. Гомологія пов’язана з наявністю у різних видів однаково діючих спадкових факторів – «гомологічних» генів. Гомологічні органи у різних видів часто виконують зовсім різноманітні функції, наприклад, гіпобранхіальна борозенка ланцетника та щитоподібна залоза хребетних.
 Виділяють наступні категорії гомологій:
1) Загальна гомологія: структури, розподілені по всьому тілу, наприклад, клітини всіх еукаріот, волосся хребетних, луска риб.
2) Соціальна гомологія: взаємна відповідність метамерних структур або органів в організмі - структури, які відповідають одна одній зустрічаються у різних ділянках тіла або сегментах у одних і тих же або різних особин, наприклад, шийні і поперекові хребці, промені плавців, спинномозкові нерви, пір’їни, пелюстки квітів, кінцівки членистоногих, рука і нога у приматів.
3) Пряма гомологія: органи на строго відповідних один одному ділянках тіла тварин, що ведуть різноманітний спосіб життя, наприклад, грудні плавці риб та крила птахів, первинна нирка жаби та епідідіміс (придаток яєчка) ссавців.
Таким чином, для доказу гомологічних органів різних видів необхідна наявність трьох критеріїв:
- схожість морфологічного плану будови органів;
- схожість їх положення в організмі по відношенню до інших;
- схожість їх морфогенезу.
Гомології відрізняються не лише у морфологічній будові, але часто і у формах поведінки.